ZOOM Lite

Lýsing

ZOOM Lite er næstu kynslóðar raðgreiningarhugbúnaður fyrir gögn og sjón. Notendur slá inn tilvísunar erfðamengi og Illumina/Solexa lesa stuttar skrár eða AB SOLiD litrými lesa skrár á ýmsum sniðum, svo sem * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta o.s.frv. les á tilvísunarröð. ZOOM Lite er með skjótan og nákvæman kortakjarna sem byggir á nýhönnuðum fræskenningum. Hægt er að meðhöndla bæði einn og endanlegan lestur af ýmsum lengdum frá 15bp til 240bp. Sérhver fjöldi ósamræmis og ein innsetning/eyðing á ýmsum lengdum milli lestursins og marksvæðis hans í viðmiðunarröðina er leyfð. Sérstaklega kortlagðar niðurstöður eða bestu (efstu N) niðurstöður fyrir hverja lesningu verða tilkynntar í samræmi við lágmarks misræmi og lengd á lengd. Gæðastig eru notuð til að auka nákvæmni kortlagningar. Byggt á kortakjarnanum, gerir ZOOM Lite notendum kleift að hlaða staðbundnum lesgögnum og tilvísunargögnum, velja réttar breytur, vinna úr miklu magni gagna samhliða allt að fjórum örgjörvum, fylgjast með verkefnum sem eru í gangi, geyma kortlagningarárangur, skoða línurit yfir kortlagningarárangur og framleiðsla kortlagningsárangurs í annað hvort * .BED eða * .GFF skráarsniðum til frekari landmælinga með UCSC vafra lag upplýsingum. Hægt er að skoða niðurstöður kortagerðar á hvaða mælikvarða sem er, allt frá lesturdýptarlínunni yfir heilan litning og til nákvæmrar röðunaraðlögunar milli aflesturs og viðmiðunarröðunnar. Notendur fletta auðveldlega til áhugaverðra svæða einfaldlega með því að smella og draga eða fletta. ZOOM Lite er afleiða af ZOOM Studio hugbúnaðinum.