RAPTOR

Lýsing

RAPTOR er nýstárlegur hugbúnaður hannaður til að spá nákvæmlega fyrir uppbyggingu próteina. Það sameinar háþróað greiningartæki í einni samþættri hugbúnaðarlausn og veitir þrjár mismunandi þráðaaðferðir. Sérstök aðferð við hagræðingu við heiltöluforritun hjá RAPTOR er áhrifaríkust til að finna sniðmát fyrir uppbyggingu markmiða með einsleitni í lítilli röð og er fær um að búa til hágæðalíkön. Auðvelt í notkun tengi og auðskiljanlegt E gildi eru tilvalin fyrir byrjendur og sérfræðinga. Umfram allt gerir innsæi skjá framleiðslunnar notendur kleift að skilja árangurinn einfaldlega í hnotskurn. Ef markpróteinröð er til staðar, ef það er einsleit prótein með þekkta þrívíddaruppbyggingu, þá er hægt að finna það með því að nota röð leitarverkfæri eins og PSI-BLAST, sem einnig er að finna í RAPTOR. Uppbygging marksins er síðan byggð út frá þekktri uppbyggingu; þó, þegar raðmyndunin er ekki marktæk, þ.e. minna en 25%, getur PSI-BLAST ekki komið með öruggt högg. Ólíkt PSI-BLAST, sem einfaldlega gerir leit að röð, próteinþráður, falt viðurkenning, nýtir bæði homology og uppbyggingarupplýsingar. Það skannar próteinröðina með óþekktri uppbyggingu gegn gagnagrunni þekktra mannvirkja. Með því að nota stigahlutfall og framkvæma samhæfingargreiningu milli þrívíddar uppbyggingar og línulegra próteinsraða verður best greind sniðmát sem hægt er að byggja uppbyggingu rununnar frá. Þar af leiðandi gefur próteinþráður betri spá en líkanagerð þegar það er til jaðarröðun.