InDelFixer

Lýsing

InDelFixer er Java forrit til að fjarlægja rammabreytingu sem veldur innsetningum eða eyðingu úr næstu kynslóðar raðgreiningargögnum. Í sumum tilfellum er vitað að próteinið sem vekur áhuga hefur engin afbrigði með rammatilfærslum. Þessar rammabreytingar er hægt að leiðrétta með tilteknu viðmiðunarerfðamengi (eða margfaldri röðun í framtíðarútgáfu). Forritið tekur við stöðluðum grammisniðum skrám, FASTA/PacBio ccs skrám og Illumina pöruðum endagögnum sem FASTQ skrár.